COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 3.237208
2020-09-28 17:00:00 4.618952 4.618952 3.152470
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 3.100379
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 3.041489
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 3.007110
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.952308
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.899300

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.212181
2020-09-28 17:00:00 3.149606 1.780415 2.206653
2020-09-27 17:00:00 3.671875 1.367188 2.096075
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 1.977890
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.092662
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 2.130790
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 2.119106

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 1.544548
2020-09-28 17:00:00 3.763441 3.763441 1.508995
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.119461 1.535430
2020-09-26 17:00:00 3.012048 1.084337 1.499565
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.452135
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 1.411540
2020-09-23 17:00:00 2.998236 2.998236 1.365724

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.554631 0.668465
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.283447 0.685049
2020-09-27 17:00:00 1.657754 0.721925 0.732918
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.785030
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 0.848400
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 0.884933
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 0.929306

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.031622
2020-09-28 17:00:00 11.451863 6.248676 4.941426
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.747908
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.578116
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 4.396726
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 4.203694
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 4.071844

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.492043
2020-09-28 17:00:00 3.231939 3.764259 2.503634
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.495827
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.526407
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.551448
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.401747 2.558984
2020-09-23 17:00:00 1.887850 1.887850 2.561318

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.644607
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.583090 2.636182
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.660105
2020-09-26 17:00:00 3.778866 3.778866 2.670067
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.722656
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.719188
2020-09-23 17:00:00 3.580402 1.915829 2.694521

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.823758
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.805346
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.739009
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.695939
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.647612
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.787203 2.603093
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.544823

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 7.167886
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 7.153067
2020-09-27 17:00:00 5.044843 10.426009 7.120083
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 6.981088
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 6.753853
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 6.548907
2020-09-23 17:00:00 5.572755 5.572755 6.350038

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 1.862070
2020-09-28 17:00:00 2.452597 1.717283 1.845269
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.848605
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.840774
2020-09-25 17:00:00 2.154468 2.154468 1.846401
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.855042
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.835887

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.553145
2020-09-28 17:00:00 2.304147 0.582072 2.552640
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.619423
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.679046
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 2.741452
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 2.828507
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 2.955697

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 0.840336 3.361345 1.520914
2020-09-28 17:00:00 0.569801 1.250000 1.481473
2020-09-27 17:00:00 4.861111 4.861111 1.435643
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.404715
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.358723
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.308698
2020-09-23 17:00:00 0.584795 0.584795 1.287011

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 1.646091 1.646091 3.338593
2020-09-28 17:00:00 6.188119 6.188119 3.348856
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.325026
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.341826
2020-09-25 17:00:00 4.805915 2.171904 3.258296
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 3.144426
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 3.050993

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 2.857143 5.054945 4.278502
2020-09-28 17:00:00 17.699115 17.699115 4.186120
2020-09-27 17:00:00 6.078148 6.078148 4.107138
2020-09-26 17:00:00 5.156724 2.325581 3.982079
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 3.916122
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.820291
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.773731

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 3.755191
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.664996
2020-09-27 17:00:00 4.336399 3.252300 3.553954
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.535539
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.600804
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.571715
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.611829

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 3.000204
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.448276 3.006680
2020-09-27 17:00:00 4.518430 4.518430 2.949093
2020-09-26 17:00:00 1.825994 1.825994 2.995787
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 2.993712
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 2.957327
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 3.005717

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 5.473965 5.473965 3.595110
2020-09-28 17:00:00 3.151618 3.151618 3.674351
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.146680 3.762230
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.738121
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.775783
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.767214
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.706460

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 3.920154 2.585378 3.206567
2020-09-28 17:00:00 6.845638 6.845638 3.206681
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.255037
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.264395
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.212253
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.182117
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 3.133816

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.233616 2.172010
2020-09-28 17:00:00 2.972028 2.972028 2.204048
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.251130
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.277004
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.266614
2020-09-24 17:00:00 3.143894 2.035470 2.276535
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.268281

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 1.762452 1.762452 2.040232
2020-09-28 17:00:00 3.353659 2.157598 2.069817
2020-09-27 17:00:00 1.552106 1.552106 2.108136
2020-09-26 17:00:00 3.225806 2.119816 2.182920
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.215818
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.251535
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.266463

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 3.842271
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 3.692956
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 3.547869
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 3.283521
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 3.461274
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 3.334816
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 3.219698

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.760873
2020-09-28 17:00:00 8.693587 4.283708 3.784062
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 3.802129
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 3.761784
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.765592
2020-09-24 17:00:00 4.789494 3.341058 3.713200
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.695300

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.306425 2.306425 2.212181
Basilicata 0.637620 0.637620 1.544548
Calabria 0.720981 0.554631 0.668465
Campania 6.058039 6.058039 5.031622
Emilia-Romagna 2.122074 2.122074 2.492043
Friuli Venezia Giulia 2.836879 2.836879 2.644607
Lazio 3.012380 3.012380 2.823758
Liguria 6.742424 6.742424 7.167886
Lombardia 2.038562 2.038562 1.862070
Marche 3.026775 3.026775 2.553145
Molise 0.840336 3.361345 1.520914
P.A. Bolzano 1.646091 1.646091 3.338593
P.A. Trento 2.857143 5.054945 4.278502
Piemonte 3.706449 3.706449 3.755191
Puglia 2.615279 2.615279 3.000204
Sardegna 5.473965 5.473965 3.595110
Sicilia 3.920154 2.585378 3.206567
Toscana 1.861083 1.233616 2.172010
Umbria 1.762452 1.762452 2.040232
Valle d'Aosta 8.791209 8.791209 3.842271
Veneto 3.277154 3.277154 3.760873
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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